Órgano de Alta Dirección

• Jefatura.- Dra. Ruth Shady Solís
• Comité de Gestión.

Órgano de Control

• Oficina de Control Interno.- CPC. Ernesto Chavarri Elguera

Órganos de Línea

• Dirección de Investigación, Conservación y Puesta en Valor de sitios arqueológicos.- Arql. Marco Machacuay Romero.
  • Jefe de Sede Zona Capital Caral.- Arql. Aldemar Crispín Balta.
  • Jefe de Sede Zona Áspero.- Arql. Gonzalo Rodríguez
  • Jefe de Sede Zona Vichama.- Arql. Marco Valderrama
• Dirección de Análisis de Materiales Arqueológicos.- Arql. Pedro Jesús Novoa Bellota.
• Dirección de Proyección Social.- Arql. Edna Quispe Loayza.
• Dirección de Relaciones Comunitarias y Ediciones.- Mg. Carlos Leyva Arroyo.

Órganos de Asesoramiento

• Oficina de Asesoría Legal.-
• Oficina de Presupuesto y Planificación .- Bach. Mabel Gálvez

Órganos de Apoyo

• Oficina de Administración y Finanzas.- CPC. Judith Vizarreta
• Oficina de Logística.- Econ. Vicente Gonzáles Carrasco
• Oficina de Recursos Humanos.- Bach. Carlos Ramos Moscaiza
• Oficina de Imagen Institucional y RRPP.- Lic. Susan Montalvo
• Oficina de Proyectos.-